国立医疗机构转制的改革目标是对国立、公立和私立医疗机构提供的医疗服务功能进行一次大清理。独立行政法人化的国立医疗机构将主要承担更大区域内的高难度专门医疗以及国家医疗政策。普通的基本医疗将由地方公立和私立的医疗机构提供。国立医疗机构所实施的政策医疗被限定在对如下19个领域的疾病实施先进的医疗和对疑难杂症的诊断:癌症、循环系统疾病、精神病、神经·筋络疾病、生育医疗、肾病、重症身心障碍、骨·运动关节疾病、呼吸器官疾病(包括结核病。免疫异常、内分泌·代谢性疾病、感觉器官疾病、血液·造血器官疾病、肝病、艾滋病、长寿 ......