自身抗体可以是器官特异性的,如抗甲状腺球蛋白抗体、抗胃壁细胞抗体、抗精子抗体等。也可以是非器官特异性的,系统性红斑狼疮中抗核抗体,可与很多不同器官或组织细胞核结合。正常人体可以测得抗甲状腺球蛋白及DNA抗体,细菌感染中的脂多糖亦可刺激某些自身抗体的产生,但在正常免疫调节下,这些自身抗体维持不久,最终消失而不致病。