目前常用的芯片是直接采用单链DNA与探针杂交,存在一些缺陷:首先,单链DNA容易在某些区段自发形成二级或其它空间结构,从而使这些目标序列难于杂交[ 29,30 ]。其次,为了减少非特异性结合,需要尽量避免使用短的寡核苷酸探针。应用此法可以方便地对目标DNA分子进行标记,阻止检测区域二级结构的形成,覆盖了过多的结合区域,并且由于辅助寡核苷酸链的存在形成连续杂交,从而对末端错配的探针具有较好的区分能力(图。