本品易透过生物膜,易自胃肠道和结膜吸收,皮肤接触也可吸收一部分。口服本品单一剂量,1小时后达药峰浓度。注射用药作用出现较快,肌注2mg,15~20分钟后即达药峰浓度。吸收后广泛分布于全身组织,可透过血脑屏障,在30分钟至1小时内中枢神经系统达到较高水平。阿托品除对眼的作用持续72小时外,其他所有器官的作用维持约4小时。本品亦能通过胎盘进入胎儿循环。本品部分在肝脏代谢,约80%经尿排出,其中约1/3为原形,其余的为通过水解与葡萄糖醛酸结合的代谢物,消除半衰期为2~4小时。