线粒体是细胞内数量最多的细胞器,为细胞能量产生的部位并在细胞代谢中起主要作用。最大规模的用2‐DE分析线粒体蛋白质组的是大鼠肝脏线粒体,用PMF总共鉴定出192个基因产物。Mootha等对小鼠不同组织来源的线粒体蛋白质组进行了比较,总共鉴定了591个蛋白质,发现不同组织线粒体蛋白的表达量同RNA丰度基本一致,而且线粒体在蛋白水平和RNA水平上都表现出组织差异性。他们利用二维色谱和串联质谱分析内膜蛋白质组,总共鉴定了183个蛋白质,其中22个是未知的或以前没有发现与线粒体内膜有关。另外一种完全不同的策略是用遗传学方法研究线粒体蛋白质组,其原理是基于DnaE蛋白剪切重建裂解增强绿色荧光蛋白(EGFP)。
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