黄酮类化合物多为结晶性固体,少数(如黄酮苷类)为无定形粉末。一般游离状态的黄酮苷元较黄酮苷易形成结晶。黄酮类化合物大多呈黄色,其颜色与分子中是否存在交叉共轭体系及助色团(OH、OCH3等)的种类、数目以及取代位置有关。二氢黄酮、二氢黄酮醇及黄烷醇因交叉共轭体系中断,几乎为无色。游离黄酮苷元一般难溶或不溶于水,易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、氯仿、乙醚等有机溶剂及稀碱水溶液。黄酮、黄酮醇和查耳酮等,因分子中存在共轭体系,且为平面型分子,分子间作用力较大,水溶性也较弱。黄酮类化合物溶于浓硫酸中生成的盐,常常表现出特殊的颜色,可用于鉴别。某些甲氧基黄酮溶于浓盐酸中显深黄色,且可与生物碱沉淀试剂生成沉淀。
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