如前所述,基因芯片的基本原理就是核酸探针与待测核酸片段间的逆向杂交,因而其使用操作与SouthernBlot及NorthernBlot基本相同。目前应用较多的标记方法是荧光标记,包括末端标记和随机插入,前者是在引物上标记有荧光探针,在DNA扩增过程时,使新形成的DNA链末端带有荧光探针。杂交条件的选择与研究目的有关,此外,杂交反应还必须考虑杂交反应体系中盐浓度、探针GC含量和所带电荷、探针与芯片之间连接臂的长度及种类、检测基因的二级结构的影响[ 16 ]。