以感染原的某个或几个特异的蛋白质为主制成的疫苗称为亚单位疫苗(subunit vaccines)。目前用于亚单位疫苗的抗原包括病毒和细菌蛋白以及细菌荚膜多糖。乙肝表面抗原是已安全有效用于临床的亚单位疫苗。蛋白质类的亚单位疫苗,如白喉和破伤风疫苗的主要成分是毒素,为了消除这些毒素的毒力,必须用甲醛处理,即脱毒(toxoidation),其产物称为类毒素(toxoids)。亚单位疫苗不含细菌内毒素等会引起副反应的物质,有较好的物理化学特征,比减毒或灭活微生物的副作用小,降低了接种的风险。有效H流感疫苗相对容易生产,因为与脑膜炎球菌病原体和肺炎球菌株多变性相比,Hib对95%haemophilus物种感染有效,因此疫苗中只有一种类型多糖。
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