传统的研究蛋白质之间相互作用的方法很多,如交联、修饰、免疫共沉淀和亲合层析等,而且都是采用体外实验来研究蛋白与蛋白间的相互作用。酵母双杂交系统则是采用体内实验来研究蛋白之间的相互作用,使研究方法发生了革命性的改变。酵母双杂交系统的最主要的应用是快速、直接分析已知蛋白之间的相互作用及分离新的与已知蛋白作用的配体及其编码基因。在酵母细胞中研究蛋白间的相互作用即直接从cDNA文库中筛选出与引诱蛋白相互作用蛋白的DNA序列。酵母双杂交系统可采用不同组织、器官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库,能分析细胞浆、细胞核及膜结合蛋白等多种不同亚细胞部位及功能的蛋白。
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