肽质量指纹图谱法的理论基础是认为每个蛋白质经过酶解成为长短不一的肽段后,同一时间获得所有肽段分子质量而形成一个肽段分子质量图谱,任意一种蛋白质的图谱都是专一而特异的。影响肽质量指纹图谱法鉴定蛋白质的因素有很多,如PMF信号的灵敏度、精确度、分辨率的高低,质量校正和样品制备的好坏,以及数据库是否完整。