肝脏损害:通常抗菌药物吸收后在肝脏代谢,故肝脏容易受抗菌药物的损害,如大环内酯类的红霉素等。有报道指出,25%的急、慢性肾衰竭是由药物引起的,如氨基苷类的庆大霉素、糖肽类的万古霉素等。血液系统损害:各类抗感染药物在长期和大剂量应用时都可以影响血细胞的生成,致血细胞减少,包括白细胞及粒细胞减少、血小板减少及全血系统减少即再生障碍性贫血。二重感染或菌群失调:由于抗菌药物的广谱,致使体内病原菌不协调性的繁殖。过敏反应:此反应最严重或最常见,为抗原和抗体相互作用而致,最常见于青霉素类药物。