上述提到的多靶点药物设计方法均是以配体分子的整体结构为出发点的。不论是基于药效团的方法或基于化合物库的筛选方法,由于需要满足两(多)个靶点的共同作用,在分子的连接、叠合或融合过程中,往往不能完全去除两(多)个配体分子对靶标不起作用的多余部分,即会产生很大一部分的原子或片段实际上对各个靶点的活性均不是必需的。优化后的化合物分子往往体积相对较大,配体效率低,进一步的优化空间相对较小,不利于非药向成药的转变(图6‐。