据报道,约20%精神发育迟滞是由环境因素引起,25%由染色体异常或基因异常引起,一半以上患者找不出病因。还发现85%重度患者可能存在基因变异的背景,如染色体异常或为其他疾病所累,如代谢与内分泌异常、畸形或先天性代谢Down综合征、Turner综合征、苯丙酮尿症、半乳糖血症、家族性黑性痴呆,以及神经纤维瘤病、结节性硬化及先天性脑积水、小头畸形等。