真菌病通常按入侵组织的深度分为浅部真菌病和深部真菌病。采集标本时应尽量避免杂菌污染,有些标本的采集需要无菌操作。采集的标本应存放于灭菌的器皿或纸袋中,标本送检时,须填写真菌检查申请单,注明姓名、年龄、性别、住院号、标本编号、标本种类、采集日期、请求检查的真菌、患者原发疾病、真菌感染可能诱因、真菌感染的症状和体征、以前检查的结果、编号和申请者的姓名。为防止标本表面杂菌污染,在分离前可先用75%乙醇作表面处理(一般用于浅部标本),或在培养基中加入适量的化学抑制剂,如抗菌药物等。临床标本包括毛发、指(趾)甲、皮屑、甲屑、黏膜、脓液、渗出液、脑脊液、血、体液、痰液、尿液、粪便、骨髓和组织等。
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