2‐D凝胶一般地有三种染色方法:考马斯亮蓝、银染和Sypro Ruby。CBB(考马斯亮蓝)在MALDI和ESI分析中会显示强的信号,CBB在消化之前比较容易除去而不是之后。用微量纯化步骤(步骤。加25 μ l的75mmol/L碳酸氢钠(40%乙醇)到切下的用考马斯亮蓝染色的凝胶p lug,旋转分离条带,上清很快变蓝,10分钟后除去上清,再用整包分装的脱色液替换直到切下的斑点脱色。可测出每个蛋白斑点1~10ng水平的灵敏的银染色方法,要求使用戊二醛作为灵敏过程的部分。但是,戊二醛和蛋白质的氨基团反应,既有ε‐氨基(赖氨酸侧链)又有α‐氨基和胶上蛋白质交叉相连。
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