FMRI的非侵犯性、高空间时间分辨率等特点使之可应用于各种设计的研究,目前常用的两种设计是组块设计和事件相关设计。事件相关设计实验中,对每一个单独的实验事件或刺激分别进行分析,无论从分析角度(例如可将对应于某一正确行为应答的扫描图像与对应于受试者误差的扫描图像区分开来),还是从实验本身(例如可在不同类型的事件之间交替,以避免与习惯相关的效应)而言。