正常情况下,Boc策略中N端保护基的脱保护作用可以通过DCM/TFA或TFA进行。对长链多肽而言,即使在高浓度哌啶存在时,也经常会出现不完全的Fmoc脱保护。分批合成中,在使用DBU时,可同时向脱保护混合物中加入2%的哌啶以清除Fmoc脱除过程中产生的二苯基亚甲基环戊二烯,阻止树脂氨基基团的烷基化。向脱保护混合物中加入HOBt或二硝基苯酚可抑制天冬化物的形成。