微生物原生质体融合,是指将双亲株的微生物细胞分别通过酶解脱细胞壁,使之形成原生质体,然后在高渗溶液的条件下混合,并加入物理的(如电融合)或化学的(如聚乙二醇)或生物的(如仙台病毒)助融条件,使双亲株的原生质发生相互凝集,通过细胞质融合,细胞核凝合。利用微生物原生质体融合,寻找新抗生素的基本原理是来源于两种已知产生不同抗生素的产生菌的融合子,有可能将他们的部分生物合成基因整合在一起而产生新的杂合抗生素。又如用林可霉素产生菌和金霉素产生进行原生质体融合,得到的融合能够产生氯林可霉素。