药物的治疗、预防、诊断和保健作用主要是通过作用于人体内的某个靶点完成。根据经典文献,计算机辅助药物设计的方法主要有三类:①分子构效关系基础上的药物设计,主要适用于药物作用的受体生物大分子三维结构尚不清楚的情况。虽然具有重要药理作用的受体生物大分子的三维结构尚未被测定,但其一级结构已被阐明,可以通过天然构象预测方法如同源模建法建立其三维结构模型。它主要是根据受体的三维结构,用分子模拟或理论计算方法研究药物和生物大分子的作用方式,得到生物大分子特别是其活性部位或结合部位的详细结构性质如静电作用、疏水作用和氢键结合等区域的分布。
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