这个过程是相当复杂的,成本和工艺上也有许多问题,因而限制了细菌基因工程的发展。细菌基因工程的缺陷,使人们想到把人或哺乳动物的基因直接导入到哺乳动物的细胞株里,能否克服上述缺陷呢?第二,哺乳动物具备对蛋白质进行修饰加工的条件,用这样的方法可以生产出有生物活性的产品,如人凝血因子Ⅸ就是一种代表性产品。然而细胞基因工程也有不足之处,因为人或哺乳动物细胞培养的条件相当苛刻,成本太高,这就限制了细胞基因工程的发展。