基因芯片可以大大推进包括人类(后)基因组计划在内的各类基因组研究,重点包括功能基因研究、新药开发以及疾病诊断中的应用研究:通过比较不同个体或物种之间以及同一个体在不同生长发育阶段、正常和疾病状态下基因转录及其表达的差异,寻找和发现新的功能基因。基因芯片还可以为研究基因调控网络及其机制,揭示不同层次多基因协同作用的生命过程提供手段,在研究人类重大疾病如癌症、心血管病等相关基因及其作用机制方面发挥巨大作用,如开发与人类重大疾病相关的基因芯片,研制一批有实际应用前景的测序及诊断芯片。