四、毒理基因组学在毒理机制和预测研究中的挑战和限制

事实表明大多数毒性化合物是通过多途径起作用的，并且与其剂量大小、作用时间的长短和次数、作用细胞的种类等都有关系，每一个独立事件都有一个单独的机制，这些机制的合力将引发细胞损伤和死亡。从测定m RNA或蛋白质水平来研究作用机制的挑战在于，许多毒性化合物和药物是通过与蛋白结合和（或）改变细胞内的生物大分子，并不是直接诱导基因的表达或改变基因产物的稳定性，许多基因或蛋白质表达的改变是外源性物质间接作用的结果或者说是细胞应急反应的结果。在一些低等的真核生物中，研究表明，毒理基因组学将帮助我们发现未知化合物的作用机制，并预测其毒性。然而，不停的讨论、争辩和数据的共享对于毒理基因组学的飞速发展也是至关重要的。