由于缺乏细胞壁,支原体对β内酰胺类抗菌药物有天然的耐药性,磺胺药物、三甲氧苄啶和利福平也无效。对大环内酯类和林可霉素类的耐药性因种而异。人型支原体对红霉素耐药,对克林霉素敏感。人型支原体和解脲脲原体对四环素的耐药性是由tet M转座子介导,该转座子编码能够与核糖体结合的蛋白,使支原体耐药。