住院患者的菌血症由两种原因引起:一特定组织的感染,如胆道和泌尿道败血症(通常由革兰阴性杆菌,或肠球菌,或二者同时引起)。在肺炎球菌感染的患者中,菌血症从肺部感染灶经血液播散,但革兰阴性呼吸机相关肺炎,菌血症很可能和严重的口咽部的细菌定植有关,导致皮肤污染,再导致中心导管相关的感染,这是菌血症的第二个原因。