靶标基因对于毒理芯片是至关重要的,它的选择是建立在各个实验组之间差别评级的基础之上的。因此,对于每一个器官,至少要收集上千个样本来直接测定其可变性。一些参数和非参数的方法可以在推理或区别的基础上,帮助对基因表达的差异进行评价。但当每一个基因都有5%的假阳性的概率时,多次实验后将出现大量的假阳性,在这样的情况下,就要用随机化来估计假阳性率,从而调节多次实验的P值。