莫达非尼的耐受性较好,最常见的不良反应是头痛和恶心,随着剂量从100mg/d增加到600mg/d,或者更高剂量如800mg/d时,出现心率加快和高血压等不良反应的可能性也增加。在一项三期临床研究中,因不良反应而脱落的仅占5%,3个以往有二尖瓣脱垂、左心室肥大病史的患者在服药后出现心电图一过性缺血改变。