常用的筛选模型多在分子水平和细胞水平建立,观察的是药物与分子靶点的相互作用,能够直接认识药物的基本作用机制。目前这些模型主要集中在受体、酶、通道以及各种细胞反应方面,也有基因水平的筛选模型,或者直接在蛋白芯片、基因芯片上进行筛选,较传统的药物筛选模型的范围更为广泛。基因表达的酶、受体、信号转导因子的广泛使用使得高通量药物筛选具有较高的特异性。