药物分子可认为是由药效团和结构骨架构成的,药效团是药物呈现特定药理作用所必需的物理化学特征及其在空间的分布,这些物化特征是由不连续的离散的原子、基团或片段所构成,如正电荷、负电荷、氢键给体、氢键接受体、疏水中心和芳环质心等。药效团需结合在分子骨架上,形成具体的分子。骨架可认为是药效团的“赋形剂”,具有连续性的特征。分析模拟创新药物与首创药物的结构特征,可认为是在保持药效团前提下,变换结构骨架,或者不改变骨架,只变换骨架上的某些原子或基团。