显微鉴别是指用显微镜观察药材切片、粉末或表面等的组织、细胞特征的一种鉴别方法。参照显微鉴别法(《中国药典》 2005年版一部附录Ⅱ C)项下的方法制片观察。扫描电子显微镜的应用,使显微鉴定的水平进一步提高,而且,药材不需制作切片和染色,即可直接进行表面或断面的观察,获得细微的三维结构特征。如党参、何首乌、鸡血藤的导管,石斛的叶鞘,白头翁的叶柄基(白毛),红花、金银花、洋金花的花粉粒等的超微结构。