由于人体内每个细胞都是由上万个不同类型、不同含量的蛋白质组合而成的单位,不同蛋白质的组合就构成了不同细胞的功能。系统研究细胞内的全部蛋白质的结构、功能,相互关系及细胞运行机制,无疑就是在蛋白质水平上为研究药物作用机制,寻找药物靶点奠定了基础。在疾病状态下则力求筛选出疾病特异性蛋白,既可作为疾病分类分型的标志,也可作为临床诊断的标志,还可作为挑选有效药物的依据并预测药物作用疗效,因而与药物基因组学配合为真正推进到药物个体化治疗打下分子基础。