1910年首次发现恶性疟原虫对奎宁具有耐药性,20世纪60年代发现广泛用于治疗疟疾的氯喹出现恶性疟耐药现象并迅速蔓延,抗疟药物耐药性已成为遏制疟疾流行的最大困难。恶性疟原虫对氯喹的耐药机制表现为疟原虫食物泡上粘附糖蛋白(多药耐药性蛋白)的基因点突变,导致粘附糖蛋白的变异而增加氯喹从食物泡排出,减少氯喹在疟原虫体内的潴留量,降低作用靶位的药物浓度。耐磺胺类药物的恶性疟原虫二氢蝶酸合酶基因点突变,影响药物在二氢蝶酸合酶分子内的镶合。