直接药物设计尽管具有直观、可靠等优点,但真正弄清靶物质结构情况仍是很少的,这是因为大多数靶物质都是嵌膜和跨膜蛋白,从细胞膜上分离后,很难得到其真实的三维结构,即使从生物体液中分离后仍具生物活性的酶这类生物大分子,由于测试水平限制。间接药物设计可在未知靶物质三维结构的情况下,利用药物分子与靶物质的互补性,以及一系列药物分子的三维结构与生物活性的定量关系提取药效基团(Pharma‐cophore),可以推测底物与靶物质相互作用模式。