在一些SNPs被预先确定之后,芯片被制作成包括特别SNP的DNA,然后将人类DNA样品在芯片上点样,每种不同的DNA片段和与其相匹配的DNA在芯片上结合,研究人员就可以通过芯片上的已知SNPs来确定被测物。由此可见,SNPs作为一种标记性物质可以大大加快人类基因组图谱的解谱进程。基因家族成员之间的序列分析比较在决定基因结构、功能、调控、进化及其杂交基础上的序列分析方面具有很大的应用前景,并且可以使我们更进一步地了解到不同生物体中一系列相关序列的信息。