氯喹禁用于孕妇、葡萄糖‐6‐磷酸脱氢酶缺乏症、严重肝损伤、牛皮癣患者和儿童。慎用于肝、肾功能减退,心脏病,重型多形红斑,血卟啉病及精神病患者。氯喹慎与保泰松、氯丙嗪、青霉胺、链霉素、肝素、伯氨喹合用,以防引起严重中毒反应。伯氨喹禁与具有溶血作用和抑制骨髓造血功能的药物合用。青蒿素类药物安全性相对较高,临床应用时须慎用于孕妇。