遗传多态性可以在不同水平上观察到,如表型的多态性、染色体多态性、酶和蛋白质多态性、DNA多态性等。例如胎盘碱性磷酸酶(placentalalkalinephosphatase,PLAP)是一种典型的复等位基因编码的酶,PLAP为二聚体,基因定位于2q37,根据电泳速度可分三种变异型即慢(S)、中(I)、快(F)型,它们受三个复等位基因PLs、PLi及PLf控制。目前Alu I多态已用于疾病基因的连锁分析和人类进化研究,特别是Alu I多态用于构建进化树具有更高的可信度。