组合化学中的生物筛选方法必须与组合合成方式匹配。亦即同时要考虑合成的能力、质量、生物筛选方法的灵敏度(对合成化合物的最低浓度要求)、特异性(如何去除假阳性结果)和筛选方式(固相还是液相筛选)以及筛选得到的阳性化合物的结构确认和放大再合成等。以Selectide技术为例,固相筛选主要是依据分子水平的筛选模式,将所合成的固载化化学库分子直接与活性蛋白反应,再用蛋白染色或标记的方法将活性珠挑选出来进行结构确认。