四、分子动力学实验方法

分子动力学已成为当前最广为采用的计算庞大复杂体系的方法，可广泛适用于多种体系和各类性质的研究。下面简要介绍一下使用GROMACS软件进行分子动力学模拟研究的操作过程。GROMACS最早是由荷兰的Groningen大学开发的免费分子动力学模拟软件，主要用于生物大分子的模拟研究。后来由瑞典的Uppsala和Stockhol m大学及德国马普学会高分子研究所进一步的发展和完善，应用领域越来越广，与其他动力学软件相比，速度快是它的特点。Gro文件是坐标文件,所有的gro文件都可以由pdb文件所替代，top文件是拓扑文件。Trr文件为轨迹文件，但是该文件通常比较大，可以用trjconv命令将trr文件压缩为xtc文件。