氨基酸分子中含有多种极性基团,如‐COOH、‐NH3、‐OH、‐SH等,这些极性基团对吸附剂表面活性吸附中心的吸附能力各不相同。人体内20余种游离氨基酸由于其各含不同的极性基团或含极性基团的数目不同,故对吸附剂表面活性吸附中心的吸附能力有差别,因而其竞争性置换吸附在活性中心上的流动相分子的能力也就不同,吸附力强的置换流动相分子的能力大,在分离柱中的保留时间长,洗脱慢,相反。吸附力弱的保留时间短,先被洗脱下来,据此可以将不同的氨基酸分离开。衍生化完毕后必须完全彻底去除多余的荧光素。