蛋白质由相同多肽链构成的分子或结构域组成,这些独立的结构域使得相同的蛋白执行不同的功能。酵母双杂交技术利用两种具有特异功能的蛋白结构域:DNA结合域(DNA‐binding domain,BD),即可与DNA结合的结构域。这两个结构域对于转录都是必要的。DNA转录需要一种称为转录激活子(transcriptional activator,TA)的蛋白,此蛋白可与DNA编码区上游的启动子结合。一旦TA与启动子结合就可通过其激活结构域激活转录,而TA的活性依赖于DNA结合域和激活域,两者缺一不可。当诱饵蛋白与靶蛋白发生相互作用时,转录因子重构与转录活性恢复,就引起报告基因的表达。
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