当两个大分子间距离足够接近到能使各自的反应性基团之间反应生成稳定的化学键,结合反应便可以进行。影响结合反应的因素很多,如荚膜多糖和载体蛋白质的理化性质、浓度、反应体系的pH和温度、缓冲液和离子强度等。蛋白质在所需pH条件下的溶解性、浓度和环境温度决定蛋白质载体是否适用于特定条件的结合反应。针对肺炎链球菌荚膜多糖,最常见的活化法是氰化物活化法与高碘酸钠氧化法。在芬兰和以色列进行的11价双载体肺炎链球菌结合疫苗进行比较研究中也证明,加入氢氧化铝佐剂后除了肺炎5型抗体的亲和力有所提高外,并没有显著增强疫苗的免疫原性。
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