[文献资料]二、常 用 力 场

按照量子统计力学原理，求一个化学体系的自由能，可以按照下面的过程进行：首先写出体系的哈密顿量算符H，然后求解体系的薛定谔方程。H Ψ ＝ E Ψ得到体系的本征能谱和本征函数集，按照下式求出体系的配分函数：Z ＝ Tr（e － β H Ψ）＝ ∑.两个原子之间的静电相互作用用库仑公式来表示：偶极矩法根据某些规则计算出每个化学键的偶极矩，通过计算偶极‐偶极相互作用来描述静电相互作用，如下式所示：式中，V dipole是分子间或分子内偶极‐偶极相互作用的能量。以上我们比较简单地介绍了常用的分子力场，蛋白质天然构象预测中主要是通过它计算相应的能量，可以说它是从头预测法的核心。