药物的分子尺寸或大小可由多种参数表征,最简捷的是分子量。先导物的分子量对成药性有很大影响。但用随机筛选的方法,筛选化合物库时,就不宜选择分子过大的化合物,因为即使有活性,会在多方面影响新药的开发。而且,临床每个阶段被终止药物的分子量都高于进入下一阶段试验药物的分子量,即Ⅰ期终止的药物分子量高于Ⅱ期的平均分子量,期被终止的药物分子量高于Ⅲ期的分子量等,也说明大分子量的化合物成药的概率低[ 5 ]。由于省去了优化三维结构的动力学计算,这种方法对于用PSA作虚拟筛选是有意义的[ 15 ]。