经典的多肽测序方法包括N末端序列测定的化学方法,如Edman法、C末端酶解方法及C末端化学降解法等,这些方法都存在一定缺陷。例如作为多肽和蛋白质序列测定标准方法的N末端氨基酸苯异硫氰酸酯(phenylisothiocyanate,PITC)分析法(即Edman法,又称PTH法),测序速度较慢(每天50个氨基酸残基)。对修饰氨基酸残基往往会产生错误识别,而对N末端保护的肽链则无法测序。MS用于多肽序列测定时,灵敏度及准确性随分子量增大而明显降低,所以采用MS进行多肽序列分析比蛋白质简单,许多研究均是以多肽作为分析对象。除上述方法之外,场解析质谱、生物鉴定法、放射性同位素标记法及免疫学方法等都已应用于多肽类物质的结构鉴定、分析检测之中。
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