虽然λ载体可以插入长达22kb的外源基因片段,但对于高等真核生物的基因组来说,这种容量仍嫌不够。因为在高等真核生物中,有的基因特别长,比如鸡的胶原基因就长达38kb,鼠的二氢叶酸还原酶(DHFR)基因长42kb。另外,有时为了尽量减少基因组文库中的重组子数量但又不造成任何DNA片段的遗漏,这也要求每个重组子所含的外源DNA片段尽可能长些。但用碱性磷酸酶处理,可阻止载体分子自身连接。现虽建立了高密度菌落筛选法,但由于COS质粒制成的基因文库常常不太稳定,插入的大片段外源DNA有可能通过同宿主基因组交换而致丢失等,所以最常使用的还是噬菌体载体。
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