将双杂交系统的研究范围扩展到蛋白质和很小的肽(< 16残基)是非常有意义的,原因有几点。第二点好处是用来确定一些小肽,这些小肽可以通过竞争结合或阻断蛋白质与其正常搭档分子的相互作用,或干扰蛋白质内在的催化活性,来调节诱饵蛋白质的活性。两个独立的实验显示,具有特异性相互作用的小肽被成功地从文库中筛选出来:M ﹒ Yang等使用成视网膜细胞瘤(retinoblastoma,Rb)作诱饵,提取到含有与典型的Lx CxE Rb模式序列作用的多种肽。在这一方法中,编码一种已知相互作用蛋白质的cDNA被超声剪切,并用鸟枪法(shotgun technique)克隆到猎物蛋白载体上。这一方法的技术含量低、费用合理,使得它成为对蛋白质功能研究的有益补充。
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