以这类方式探索蛋白质间的相互作用已扩展到一系列的生物功能,包括α‐互补作用(α‐complementation)、泛素介导的定向蛋白质降解(ubiquitin‐mediated targeting for protein degradation)、阻抑物功能的重构(reconstitution of repressor function)。以及将DNA‐结合域与转录活化域的功能结合以生成转录活化因子。最后一种方法被发展成为双杂交系统,并已成为一种标准的和有效的蛋白质分析工具。