重组最初是指真核细胞减数分裂时同源染色体相应的具有相同或几乎相同顺序的两个DNA片段之间的交叉与互换过程,后来认为重组也在接合、转导或转化后外源DNA与细菌基因组的整合中起作用。有时交叉互换过程也可发生在染色体非相应区域的两个同源片段之间,但这种不对称的交叉互换可在染色体中产生重复和缺失。任意两个同源性DNA片段在细胞内均可能重组,但要做到这一点,两个同源双链DNA分子必须紧密接触,同时必须有一个单链发生断裂甚至有一段缺失形成空隙,因此,许多DNA损伤因素均可使重组频率升高。