分子力学和量子化学向药学科学的渗透,X‐衍射、生物核磁共振、数据库、分子图形学的应用,为研究药物与生物大分子三维结构,药效构象以及二者作用模式,探索构效关系提供了理论依据和先进手段。将3D‐QSAR与基于结构的设计方法相结合,将使药物设计更趋于合理化。其中,靶蛋白的晶体结构和开发分子模拟软件是关键。由Goodford研究小组开发的GRI D软件,其基本原理是将受体蛋白的活性部位划分为有规则的网格点,将探针分子(水分子或甲基等)放置在这些网格点上,采用分子力场方法计算探针分子与受体活性部位各原子的相互作用能,这样便获得探针分子与受体活性部位相互作用的分布情况。卡托普利在临床上一直使用至今。
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