原则上,所有基因型、表型和系统发育的信息都能被用于细菌的分类。细菌的分类方法是在对细菌的大量分类标记进行综合分析的基础上进行的,用做细菌的分类依据有形态学、生理学、生物化学、免疫学和遗传学等方面特征。近年来,分类学工作者应用各种现代化技术和设备研究分析细菌的化学结构和化学组成,为细菌分类学的发展开辟了新的前景。细菌的形态、染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据,生理生化学特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、色素产生、抵抗力、有机酸盐和铵盐利用、糖类代谢、蛋白质和氨基酸代谢、呼吸酶类试验、毒性 ......