第四节 通路的网络分析方法

一个有效的方法是使用前面章节介绍的基因集合富集分析方法（详见第三章）。经典的方式是分析一组兴趣基因列表（如：差异表达基因集）在各个通路上是否过出现，可以使用超几何检验（hypergeometric test）和Fisher精确检验等统计学方法识别显著富集的通路。对于像基因表达谱等全基因组检测得到的数据，还可以使用GSEA（gene set enrichment analysis）方法简化感兴趣基因列表的获得过程，避免兴趣基因集合选择过程的偏好性。另外通路之间的交互信息也非常重要，尤其复杂疾病发生多是由多个 ......